对于大陆媒体报导重庆市奉节县「法轮功」地下组织藉赴台探亲机会,与台湾法轮功人士接触「勾结」,甚至发表「海峡时评:为X教张目不利两岸关系发展」,陈明通回应媒体询问时指出,法轮功在台湾是合法登记的研究学会,政府尊重人民结社自由。陈明通表示,只要是依法登记的社团、在合法规范内活动,政府就应依法保障社团活动的自由,至于大陆媒体翻去年旧案大作文章,陈明通不愿多做评论,仅表示不清楚这起事件,也不知道「勾结」之说从何而来。