1999年7月19日,秦三凤去上访被抓,被关在石景山体育馆一天,无吃无喝,连上厕所都不让。晚上11点多被送到海淀区大钟寺派出所,又被无理在那关押了三天。
2000年7月20日,她上天安门证实法又被抓,被关在北京市密云拘留所一星期后被湘潭市驻京办事处关押了五天,回到湘潭市又被拘留了15天,后又被关押在学校的留学生楼,还给她办学习班(洗脑班)十天,白天4人看管,晚上一人看守。
2000年11月,秦三凤散发真象传单被抓,在看守所被非法关押了近一个月。
2001年元月,秦三凤被非法判劳教1年半,因体检不合要求,又被送回拘留所,在那里她又被关押4个月,在此期间她还被开除了党籍。
到2001年4月她回校这段时间连续18个月,只发给了她200元生活费。平时还有人暗中盯梢,监视她的行动。
秦三凤共被抄家6次,抄去大法书十几本,磁带4盒。